On trouve la première mention d’un cru Doisy dans la « Topographie de tous les vignobles connus » d’André Jullien (1832). Doisy fait partie des vingt crus de la première classe des vins blancs de Bordeaux qui en compte cinq.
Daëne figure dans le classement de Charles Cocks (1846), parmi les quatre premiers crus de Barsac avec Coutet, Climens et Myrat. En 1850, le même auteur le classe parmi les onze premiers crus de vins blancs de Bordeaux. Le nom de Doisy Daëne résulte de l’adjonction au cru Doisy du nom de son propriétaire, Jean-Jacques-Emmanuel Daëne, Négociant à Bordeaux. D’ailleurs, le cru figurant dans le classement de 1855 est Doisy appartenant à Daëne.
En 1875, les trois fils de J.J.E. Daëne héritent du cru. La même année, ils en cèdent une partie aux frères Dubroca puis, en 1878, vendent Doisy Daëne à Jean-Paul Billot. Sa fille unique, Pauline, épouse de Jean Lodoïs Juhel-Renoy, négociant à Paris, en hérite en 1884. Elle le vend aux frères Debans en 1889. Georges Dubourdieu achète Doisy Daëne aux héritiers des frères Debans en 1924. Depuis plus de quatre-vingts ans, trois générations de vignerons passionnés par l’élaboration des grands vins blancs s’y sont succédées de père en fils : Georges, Pierre et Denis.
Georges, vigneron et vinificateur perfectionniste, a acquis le cru et en a conforté la réputation par des millésimes légendaires jusqu’en 1949.
Pierre, passionné, innovant et entreprenant a agrandi Doisy Daëne, en achetant notamment une partie de Doisy-Dubroca. Dès le début des années 1950, il créa le Grand Vin Sec de Doisy Daëne. Cinquante ans durant, il signa de splendides bouteilles.
Denis préside, depuis 2000, aux destinées de Doisy Daëne. Il est également Professeur à la Faculté d’Œnologie de Bordeaux et consultant œnologue de réputation mondiale.
Depuis 2004, les fils de Denis, Fabrice et Jean-Jacques ont rejoint les activités familiales.
En 2016, Denis décède prématurément. Ses fils, quatrième génération de Dubourdieu à Doisy Daëne, continuent l’œuvre familiale.